El Concilio Superior de la Iglesia Soldados de la Cruz de Cristo es el principal órgano legislativo de la Iglesia, responsable de aprobar todas las decisiones principales y de impacto en la institución.
Como antecedente de su creación pudiera citarse el año 1961, año en que tras la muerte del Apóstol Ángel María Hernández, tomó la dirección de la iglesia, de forma temporal, la Junta de Obispos en Cuba, compuesta por Florentino Almeida, Samuel Mendiondo y José Rangel, cuyo liderazgo conjunto dio coherencia y guía a la obra hasta la llegada del nuevo Apóstol.
Pero su fundación de manera oficial se desarrolló durante la dirección del Apóstol Florentino Almeida, quien a principios de 1989 comenzó a dar forma a un Reglamento Interno que procuraba el establecimiento de un Concilio Superior de gobierno y que plantaría las bases para que el cargo de apóstol no fuera vitalicio. Dicho reglamento tuvo modificaciones en el año 1992 y entró en plena vigencia a partir del año 2000, fecha en que Almeida cesó sus funciones como director.
Delega en el Presidente de la Iglesia la representación y la ejecución de los planes y visiones a corto, mediano y largo plazo de la institución. Ejerce como sobreveedor de la correcta aplicación de la doctrina de la Iglesia, las disciplinas, las acciones del Presidente de la Iglesia, los presidentes regionales y el plan de trabajo internacional del año en curso.
Los miembros del Concilio Superior deben ser obispos y de entre ellos será escogido el Presidente de la Iglesia. Estará compuesto por un mínimo de siete y un máximo de quince miembros que pueden ser obispos previamente ordenados, quienes han sido aprobados por mayoría del Concilio Superior para pertenecer a este órgano, y apóstoles que han cumplido su mandato como presidentes de la Iglesia, pero debido a su edad todavía forman parte del Concilio Superior y conservan esta ordenación eclesiástica.
Cada miembro debe cumplir con algunos requisitos indispensables que lo haga apto para pertenecer a este órgano, como son: poseer un rango de edad entre los treinta y cinco y los setenta años; ser un obispo ordenado de la iglesia; no padecer ninguna enfermedad que le impida el ejercicio de sus funciones; tener demostrada capacidad administrativa en el gobierno de un territorio, país o región; y aprobar el curso de capacitación para ser miembro del Concilio Superior antes de ser admitido.
Cuando surja una vacante, dicho órgano tiene la autoridad para elegir de entre los obispos de la Iglesia, al nuevo integrante que formará parte del Concilio Superior. De igual forma, cuando un miembro del Concilio cumpla setenta años de edad, automáticamente dejará de ser parte del mismo.